测序数据中的常见概念

reads：此次数据中所有小纸条数量
counts：此次测序中某基因的小纸条数量
同一样本中不同基因counts大小的决定因素：表达量、基因长度、测序深度
不同样本中相同基因counts大小的决定因素：表达量、测序深度（测序的策略啥的不同）
所以想比较表达量必须对counts进行标准化
RPK：平衡了基因长度的影响，可做组内比较
RPKM/FPKM：在RPK基础上，平衡了样本内的测序深度，可做组内比较
TPM：(归一化处理+平衡基因长度、测序深度)使各样本内部所有基因的表达量值之和都相同，可做组内，也可组间
CPM：（only归一化处理，未平衡长度与深度），只能组间比较，不能组内比较