差异表达分析(DEG)
其分析结果为找到两组间显著差异的基因。
缺点是:可能会漏掉一些单独变化不大、但处于调控网络关键位置的基因
筛选逻辑
LogFC >0:基因在该组中上调
adj.P.Val(矫正后的P值)
过滤条件:LogFC>1 and adj.P.Val<0.05
FC:倍数变化,可调整
若认为FC>2,认为差异表达,则log
若认为FC>1.5, 则 >0.58

R语言实现
R包介绍

绘图表现
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火山图
?差异基因热图
其分析结果为找到两组间显著差异的基因。
缺点是:可能会漏掉一些单独变化不大、但处于调控网络关键位置的基因
LogFC >0:基因在该组中上调
adj.P.Val(矫正后的P值)
过滤条件:LogFC>1 and adj.P.Val<0.05
若认为FC>2,认为差异表达,则log
若认为FC>1.5, 则 >0.58


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