TCGA样本名编码信息

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TCGA的样本命名
Sample ：其中编号01~09表示肿瘤，10~19表示正常对照。（区分正常和癌症样本的凭证）
CodeDefinition
01 Primary Soild Tumor( 原发性实体肿瘤 ）
02 Recurrent Soild Tumor( 复发性实体肿瘤
03 Primary Blood Derived Cancer -Peripheral Blood(原发性 血源性-外周血
04 Recurrent Blood Derived Cancer -Bone Blood(复发性血源性-骨髓）
05 Additional -New Primary
06Metastatic( 转移肿瘤
07 Additional Metastatic
08 Human Tumor Original Cells( 肿瘤原始细胞
09 Primary Blood Derived Cancer -Bone Marrow(原发性血源性-骨髓）
10 Blood Derived Nomal
11Soild Tissue Normal

01A：癌症组织
01B：福尔马林浸泡样本
02A：复发组织
06A：转移组织

例子

Analyte：分析的分子类型

看一个例子：

TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07

TCGA

Project所有TCGA样本名均以这个开头

A6

Tissue source site组织来源编码，

如A6就表示来源于Christiana Healthcare中心的结肠癌组织

6650

Participant参与者编号

01

Sample编号01~09为癌症组织，10~19表示正常对照

A

Vial在一系列患者组织中的顺序，绝大多数样本该位置编码都是A;

很少数的是B，表示福尔马林固定石蜡包埋组织，已被证明用于测序分析的效果不佳，所以不建议使用01B的样本数据

11

PortionPortion 同属于一个患者组织的不同部分的顺序编号，同一组织会分割为100-120mg的部分，分别使用；

R

Analyte分析的分子类型，对应RNA

1774

Plate在一系列96孔板中的顺序，值大表示制板越晚

07

Center测序或鉴定中心编码

对RNA数据来说，Analyte为R的优先级最好，其次是R和T，而对于DNA层面的分析来说，D的优先级最高。

如果Analyte相同，那就选择Portion和/或Plate值更大的。